できますよ。
コンビニでも不足分は現金でと何回かやったことがあります。

某掲示板によると、
マクドナルドの場合は、1円単位での支払いができないそうです。
例:マクドナルドで100円の商品を購入、Edyの残高が92円の場合は
Edyを使い切って現金で残り8円を支払い　はできなくて
Edyから90円支払い、残り10円を現金で支払い　という形になるそうです。
マクドナルドでは1円・5円の小銭を用意していないからだそうで。
私自身は確かめたことがないですが・・・。

> 私自身は確かめたことがないですが・・・。

マクドナルド経験者です。
私の場合はWAONでの支払でしたが・・・

決済前に読み取り機に表示された残高が95円だったので全部使い切ろうと思ったのに、90円分として差額の支払を求められたので、5円が消えてなくなったのかと焦りました。
バイトの子に訊いても要領を得ず、店長を引っ張り出して10円単位でしか使えないということを知りました。後で確認したらちゃんと5円分の残高が残ってました。

そんなことがあって気がついたんですが、マクドナルドのメニューって、全て10円単位なんですね。