実際に試してはいませんが、両方対象になるはずです

旅プラス入会で指定運賃をJALホームページで購入が条件ですが、楽天のサイトでのログインした後はJALのHP(rakutenのロゴ付き)で決済です、なので条件クリア・・のはず
https://aps1.travel.rakuten.co.jp/portal/my/domestic_airline.main

楽天トラベルの1%はJALのアフェリエイトみたいな物の中から還元なのでこれも条件クリア

かと思いますが、実際にやった方の報告も聞きたいな
+300MILEは3/31迄ですが

4月以降の便ならこれも登録しましょう
https://www.jal.co.jp/121campaign/10000mile/

oknさん、早速の回答、ありがとうございます。
私も大丈夫だろうなぁと思ってはいるのですが、実際にやったことのある方の報告が聞けるとうれしいです。

ずいぶん日にちが経ってしまいましたが、ご参考になれば。
実際に私が楽天経由予約&JAL(旅プラス)搭乗でマイルがつきました。旅マイルのボーナスマイルは明細では片道ごとに「国内線インターネット予約 150」と明記されてます。
一方、楽天のポイント加算は1ヶ月ぐらいかかるようです。
3月下旬搭乗分が先日ついていました。
楽天トラベルでお買い物 ※(購入額)
[2009/搭乗日]
▼→クリックすればさらに詳細が出ます。

上記組み合わせができるのは国内便では先得割引、バーゲンフェアだけなのでタイミングが合えばラッキーですね。逆に同じ運賃でもビジネスきっぷや特便割引にはつかないので「あれっ?」と思っちゃいますけど(^^;)
それにしても先月までの2%付与はよかったです。

追記です。楽天2%付与は
・シルバー割引
・定額給付金記念バーゲンフェア
で6月まで継続中でした。(旅プラスはバーゲンフェアだけかどうかは不明ですが)
https://aps1.travel.rakuten.co.jp/portal/my/domestic_airline.main