その昔、「ちょコム」はセーフティーパスという接触型ICカードを用いて利用されていました。
FeliCa系電子マネーの躍進に伴い、ICカードなしで「ちょコム」を利用可能にするために「Pちょコム」が登場しました。
その当時は、「ちょコム」には、ICカード型のものと「Pちょコム」の総称、という意味合いがあった気がします。
http://www.ntt.com/release/2003NEWS/0003/0331_3.html
http://www.safety-pass.com/info/sp_001.html

現在では、セーフティーパスは終了しているため、「ちょコム」と「Pちょコム」は同義になっていると思います。
※「Pちょコム」はネット上のプラットフォームという意味合いもある気がします。

一方、ちょコムポイントは、その名のとおりポイントだと思います。
ただ、ちょコムポイントは、ポイント交換の体系が分かりづらい。
http://www.chocom.jp/point/index.html
ちょコムから交換可能なもの(Suicaポイントなど)と、ちょコムポイントから交換可能なもの(JALマイル)がそれぞれ存在します。
逆に、ちょコムへ交換可能なもの(ネットマイルなど)と、ちょコムポイントへ交換可能なもの(へそクリックなど)も存在します。

> ちょコムから交換可能なもの(Suicaポイントなど)と

まさかとは思うけど……JALカードSuicaがあるとJALマイルが実質的に購入可能?

ちょコム → suicaポイントでJALマイルは購入することが出来ます。

ちょコム20000円分購入で12000マイル

マイルの利用時期さえ選べば20000円で飛べます。
安チケットより効果的です。

補足です。

このルートは段々と制限が厳しくなっており、クレジットカードの登録もしくは変更から1ヶ月間は5,000円しかチャージができません。また、ちょコムからSuicaポイントへの変更は月に1回のみ、かつ10,000ちょコムまでです。

ショッピングマイル・プレミアムに加入したJALカードSuicaがあれば、20,000円→20,000ちょコム→...→12,000JALマイル(+ちょコムチャージをするクレジットカードの選択次第で+α)とすることは可能ですが、2ヶ月以上に分けて交換申し込みをすることになり結構な時間がかかります。また、このためだけにJALカードSuicaを持つとなると維持費4,200円/年も無視できません。
http://somethingspecial.blog62.fc2.com/blog-entry-69.html

必ずしもJALマイルに持って行かない方が...という発想も成り立つかと思います。
http://somethingspecial.blog62.fc2.com/blog-entry-149.html