残念ながら入会搭乗ボーナス、毎年初回搭乗ボーナスとも、「JMBのマイル積算対象運賃で搭乗した場合に適用される」ものですので、特典航空券での搭乗ではもらえません。

搭乗ごとのボーナスマイルについても同様です。

ちなみに、JALカードとANAカードの継続マイルに関して、、、
搭乗要否以外にも様々な違いがありますので、見誤りやすいと思った部分を纏めてみます。
ご存知かもしれませんが。。。

【複数枚所持している場合の、継続マイル】
ANAカードでは、それぞれのカードに対してマイル付与(重複付与)
JALカードでは、より多くマイルを貰える方のみを年1回付与(重複付与なし)
※入会マイルについては、共に重複付与はありません。

【家族カードでの、継続マイル】
ANAカードでは、家族カードは継続マイルの対象外(搭乗マイルの割増は対象)
JALカードでは、家族カードも継続マイルの対象(毎年最初の家族会員搭乗時に家族会員側マイルとして付与)
http://www.ana.co.jp/amc/regist/card_family.html
http://jalcard.e-srvc.com/cgi-bin/jalcard.cfg/php/enduser/popup_adp.php?p_faqid=81&p_created=1026279421
※家族カードでの入会マイルも同様に、JALカードでは付与対象(再入会、既会員は対象外)

最大の差は家族プログラムでしょうね
http://www.jal.co.jp/jalcard/function/jfp.html

同居の家族のJALカード会員のマイル口座を合算できます
有効期限も全体から古い順に使えます
18歳未満でカードもてなくても最初の500円で可、更に毎年初回搭乗ボーナスも有ります

1人暮らしでは対象外ですが

ひとり暮らしだと家族プログラムに登録できないということはないと思います。

oknさんがリンクを貼られているページの長女の場合は、すでに「18歳以上」になっているにもかかわらず、「JALカード(クレジットカード機能付)会員ではない」ために対象外になると説明されています。

この説明の図では、たしかに一つ屋根の下に暮らしていないとダメなように受け取れますが、「生計が同一」というのは「所得者本人の稼ぎで家族が暮らしをしてること」で、必ずしも日常の起居をともにしていることは要求されないようです。

http://allabout.co.jp/finance/tax/closeup/CU20021223/

実際、クレジットカードの家族カードを、実家を離れて大学に通っている子どもに持たせていることは珍しくないのではないでしょうか? あるいは、夫が単身赴任している場合、妻が家族カードを所持することが認められないということもあまりないのではないかと思います。これらの場合、同居はしていないけれども、「生計は同一」という解釈がなされているのだと思います。

事実、JALカード家族プログラムでも「親会員と姓が異なる一親等の場合、親会員と生計が同一で、かつ同居していることが条件となります。」との但し書きがあることから、親会員と姓が同じ一親等の場合は、生計が同一であれば同居していなくてもよいと考えて良いのではないかと思います。

まあ本論ではないのでどうでも良いことですが

「生計独立した1人暮らしでは対象外ですが」
とでも書けば良かったのかな・・

生計を1にするの解釈は曖昧で色んなパターンがあるでしょうから、今のところの規定に明確に違反しない様に自分にメリットになるように解釈しましょう

こんな表現だとまた誰か突っ込んだりして

テーマ戻して
特典搭乗では初回搭乗ボーナス有りませんが、対象になれば家族プログラムはJALカードを選択する大きな理由の1つになると思います

すみません。

突っ込むつもりと言うか、悪意は全くないんです。僕自身、「生計が同一」と「生計をともにする」の意味がわかってなくて、以前All Aboutの記事でなるほどと思ったことがあったんです。

JALの記載をみる限り、姓が同一の一親等なら同居してなくてもきっと申し込めますよ、と言いたかっただけなんですが...

ご気分を害されたようでしたら、平に謝ります。

皆様、ありがとうございます。
やはり、JALカードでのボーナスマイルは特典航空券では不可なのですね。カード2枚持ちもダメなのですね。
家族プログラムにはあまり、興味がないし、特典航空券以外で飛行機に乗る予定は今のところないのです。
やっぱり、ANA-JCBを継続使用かなあ。
検討させていただきます。
ありがとうございました!!