結論からいうとマイル口座の統合は気軽に行っても大丈夫です。
統合された口座の「メイン番号」は統合されたすべてのANAお客様番号から任意にひとつ選ぶことができます。
また統合を解除することはできませんが、メイン番号はいつでも変更できます。

メイン番号でログインしたときのみ特典交換が可能ですが、それ以外の番号であってもマイルの積算はできますし、
どの番号で積算しても同じ一覧に記載されますので、実際のところ区別する必要はありません。

ただし、もしかするとANA SKY WEBでの登録が必要なキャンペーン(ダブルマイルとかそういったもの)では、
搭乗時に登録するお客様番号によって適用の可不可があるかもしれませんので、一番ステータスの高いものを
メインにし、そのカードでチェックインするようにしましょう。

御影石さんのお持ちのANAカードがどちらも一般カードならば、どちらのカードでもお好きなほうを
メインにすることができます。
もし、一方がワイドカードやワイドゴールドカード、スーパーフライヤーズカードなのであれば、
そちらをメインにすることでボーナスマイルなどのとり逃しを最小限にできるとおもいます。

1.ANAのWebサイトで、航空券の予約や購入をした場合、購入したNo. で、かつ親でないと修正&キャンセルが効かないので要注意です。

2.ANAカード(クレジットカード)を持っている場合にも注意が必要。
→ ANAカードを持っていると、一般で+10% ワイドで+25% の積算マイルがもらえますが、これが親になっていないとダメです。

3.ポイントサイトなどから移行する際のマイレージNo.は、どれでもOK。統合さえされていれば、合計されます。もちろん、統合されていない場合は、子No.の方に積算されてしまいますから、要注意です。

4.統合は、ANAマイレージクラブサービスセンターへ電話1本でOK。(0120-029-767)
ただし、サービスセンターもミスることがあります。
→ 私は、ANAゴールドカードを持っていましたが、その後スルガ銀行フィナンシャルパスカードを作りました。TELでANAゴールドを親にしてもらったのは良かったのですが、どういう訳か、スルガが統合から外れたままになっており、4ヶ月経ってから気づき、再度電話して修正をしてもらった経緯があります。

私のブログも是非、ご覧ください。
http://carol.air-nifty.com/ana/2007/11/anano_933a.html

亀レスすいません…

これまで、ANA JCBカードからEdyチャージして使っていたのですが、今後はライフカードからAMCEdyカードにチャージして使うようになります。

そこで質問なのですが、
今後はANA JCBカードの口座か、AMC Edyカードのどちらにマイルを貯めていくべきでしょう?

ちなみに、支払い等でANA JCBカードを使うことはほとんどない思います。

> これまで、ANA JCBカードからEdyチャージして使っていたのですが、
> 今後はライフカードからAMCEdyカードにチャージして使うようになります。
> そこで質問なのですが、
> 今後はANA JCBカードの口座か、AMC Edyカードのどちらにマイルを貯めていくべきでしょう?

Edyマイルだけに限定すれば、他カードからチャージすることができないANA JCBカードのEdyを利用することは
まったくないといえるでしょう。ですから、AMC Edyカードでためる、ということになるかもしれません。

また、マイル移行の点についても、移行先ANAお客様番号を入力した口座にマイルが加算されるだけです。

マイル口座を統合していればどちらにためるということを意識する必要はありません。