初めまして!!
気長にマイルの貯金を一緒に楽しんでいきましょう〜
。
私のお答え出来る範囲で・・・。

> ANA JCBカードとANAマイレージクラブEdyカードを最近、作成した、マイラー初心者です。・・・

回答)
メインカードはどちらのカードに設定されてますか?
「ANA JCBカード」でしょうか?

文面からの解釈ですと・・
買い物時は、「Edy決済」を主にされる予定と解釈しましたが、「Edy決済」を主にされるのでしたら、
マイル口座を統合する必要があります。
「ANAマイレージクラブ・サービスセンター」へ連絡すれば、簡単に案内してもらえます。

「ANA JCBカード」にも「Edy」機能があるかと思います。
又、「ANAマイレージクラブEdyカード」もお持ちとの事なので、「Edy」機能付きカードを2枚所有している事になります。
その為、マイル口座を統合が必要です。

ただし、クレカのみの決済が主でしたら、
特別統合の必要性も無いかと思いますが、
2枚のうち、どちらのカードがメインカードになっているのか?不明な際には、問い合わせをして確認頂いた方が良いと思いますよ^^!。

miyakojimaさんのおっしゃる通り、ANAマイレージクラブサービスセンターへTELしてマイル口座の統合をしてください。

次にメイン口座ですが、基本的には優先順位があるようです。
最後に発行したANAカード
↓
1つ前に発行したANAカード
↓
2つ前に発行したANAカード
↓ANAカードの後
最後に発行したAMCカード
↓
1つ前に発行したAMCカード
↓以下続く

メイン口座の希望があればその口座をメインにしてくれます。

※マイルの統合依頼をされない限り、複数個のマイル口座は同姓同名・同住所であっても他人として認識されます。
なので忘れないうちに統合することをおすすめします。

あ、ちなみに上から順に優先度「高」です。