> Oki Dokiポイントは、
> ・取引1件ごとにつく
> ・1回(1ヶ月)の請求の合計金額でつく
> のどちらなのでしょうか?

請求額のうち、ポイントサイン(請求書の右端欄に*1等表示があります)のある利用額の合計に対して
つきます。*2や*5などある場合は、その利用額それぞれに対して-1した倍率でボーナスポイントがつきます。

例:
xxxxxx 2520 *2
yyyyyy 3500 *5
zzzzzz 520 *1
oooooo 2100

とある場合、6540円に対して通常ポイント6ポイント
3500円に対してボーナスポイント3*(5-1)=12ポイント
2520円に対してボーナスポイント2*(2-1)=2ポイント
つきます。

また、一部のカードを除き、JCBスターメンバーズという会員グレード優遇制度があり、
毎年1月締め請求分(2月10日ごろ引落し)から12月締め請求分(1月10日ごろ引落し)の利用合計額50万円で
翌年の毎月の通常ポイントに20%のボーナスポイントが、利用合計額100万円で50%のボーナスポイントがつきます。
先ほどの例で言えば、6ポイントの部分に対して計算されます。

> ・1000円で1ポイント(1000円未満切捨て)
> で、よいのでしょうか?

通常ポイントは、その通りです。