> イーバンクは持っておらず、

ECナビ->イーバンクでも50円の手数料がかかるのでは。

> EC→JNBに950円振り込み
> EC→PEX→JNB850円振り込み

条件を読む限りは、そうなるようですね。
ECナビ->PEXの交換により、
ポイントのの有効期限が無期限になったり、
キャッシュバックの対象銀行が増えたりするのが
メリットのようですね。

やっぱりそうですかー
手数料が変わらないか安くなるなら他のポイントをPEXにしてもいいなと思うけど、
高くなるなら微妙ですね^^;

あと、振り込まれるまでにかかる時間が大きく違う点ですね。
ECナビ→JNBだと、1ヶ月くらいかかりますが
ECナビ→PeX→JNBだと、その日のうちに振り込まれます。

ちなみに、このサイトでPeXが新たに追加されたので、ルート検索してみてはいかがですか?

PeX->JNB でルート検索してみたところ、
PeX->ちょびリッチ->JNB のルートがでてきたのですが、
ちょびリッチ->JNB の交換に、
別途50円の手数料がかかると表示されました。

でも、ちょびリッチ->JNB,eBANK は
手数料なしで交換できるはずです。

結局、ECナビ->PeX の交換では、
最低交換ポイント、ポイントの有効期限の違いが
一番大きいようですね。

最低交換ポイント
ECナビ->JNB,eBANK 5000ポイント以上
5000ポイント単位

ECナビ->PeX 1000ポイント以上
1000ポイント単位

ポイント有効期限
ECナビ 獲得から1年、三ヶ月単位。
PeX 無期限

私としては、
PeXの交換先が少ないので、
5000ポイント未満の有効期限切れ間際のポイントが
できたときに ECナビ->PeX の交換をするくらいでしょうか。

PEXの交換先、少ないですよね。
わたしも期限ギリギリ様子見ようと思います^^;