深く考える必要はありません。
Suicaチャージ時にVIEWサンクスポイントは1000円あたり6ポイント加算されます。通常のクレジット利用では1000円あたり2ポイントです。なので、Suicaで払えるものはSuicaで払うのが必ず得です。Suicaポイントが付く店舗でも付かない店舗でもSuicaで払うのが常に一番得なので、別に考えることはないのです。

ただ、Suicaでは2万円を超える決済はできませんので、その際はクレジット払いですることになります。
JRのチケットを買う場合JR東日本のみどりの窓口やびゅうプラザで買えば1000円あたり6ポイントですが、普通の旅行会社で買ったら1000円あたり2ポイントになるので大損です。

2万以下のもの⇒Suica
2万以上のものでJR東日本で買えるもの⇒VIEWカード
2万以上のものでJR東日本で変えないもの⇒VIEWカード以外の高還元クレジットカード(P-oneやSBIカードなど)

というのが基本中の基本です。

>doublestealさん

ご質問の1については、書かれているとおりでいいと思います。あえて付け加えるとすると、Suicaポイントが付与されるのは対象店舗のみでその数は多くありません。また、Suicaポイントからビューサンクスポイントへの交換が可能です。

2についてはdaibutsudaさんがご回答されているとおりだと思います。

お二方ご回答ありがとうございます。

恐縮ですがさらにもう1つ質問が。


Suica定期で15000円の定期を買う場合、50000円の定期を買う場合
どのように支払うのが得なのでしょうか?(ポイント的に)

15000円ならSuica部分で買える?クレジットカードの部分でも買える??
みどりの窓口で買えば15000円でも50000円でも1000円につき6ポイント??
などなど・・・

Suica定期券は、現金orクレカでの決済となり、Suica部分での決済は出来ません。
また、VIEWカードでSuica定期券を購入する場合は、VIEWプラスの対象となり\1000につき6ポイント付与されます。
⇒当然ですが、決済金額が多いほうがより多くのポイントが付与されます(^^)
http://www.jreast.co.jp/card/thankspoint/save/viewplus.html

ちなみに、Suica定期券は、VIEWカード以外のクレカでの決済も可能ですので、検討の余地はあるかもしれません。
※Suica定期券一体型VIEWカードに対して定期券を購入する場合は、そのVIEWカードでしか決済できないかも...?
http://www.jreast.co.jp/suica/howtoget/commute02.html
http://www.jreast.co.jp/net-de-teiki/receive/tsukin.html

ちょっと補足します。

SuicaポイントはSuicaを利用した際のポイントですけども、どこでも必ず付与されるものではありません。
以下のページに付与される場所が書かれていますので参考にしてください。
(たとえばLAWSONなどのコンビニやイオン系スーパーなどでも使えますが付与されません)
http://www.jreast.co.jp/suicapoint/append/index.html

また、Suicaを使うかどうかはSuicaポイントが貯まらないところでも使うかどうか、ということに尽きるでしょう。
クレジット決済に関してもJR東日本内のみどりの窓口・びゅうプラザなどで使う場合にはお得ですね。
当然ながらえきねっとなどのJR東日本のweb経由のきっぷ購入、携帯サイト経由での購入でも1000円ごとに6ポイントつき、指定券の予約などでボーナスもつきます。
https://jreast.eki-net.com/guidance/point/service_jr.html